Die spannende, aber ungelöste Frage bleibt die Beziehung zwischen der Missa Papae Marcelli und Papst Marcellus II. Palestrina entschied sich zwölf Jahre nach Marcellus‘ Tod, die Messe unter diesem Titel zu veröffentlichen – ein Titel, der in den handgeschriebenen Quellen nicht auftaucht. Dies deutet darauf hin, dass die Verbindung zu Marcellus zu wichtig war, um sie zu ignorieren. Kein anderes Werk Palestrinas verweist im Titel auf eine historische Persönlichkeit, selbst wenn ein Hommage-Charakter offensichtlich ist. Der Titel Missa Papae Marcelli bedeutet „Messe des Papstes Marcellus“ und wird als „Messe zum Gedenken an Papst Marcellus“ verstanden.